Statutair is vastgelegd dat het bestuur van de JVATN bestaat uit een oneven aantal van tenminste drie en ten hoogste vijf personen. De bestuursleden worden gekozen door de Algemene Ledenvergadering. Bestuursleden worden voor een periode van ten hoogste drie jaar gekozen, maar zij zijn herkiesbaar voor maximaal drie termijnen.
Het bestuur ontwikkelt initiatieven in het licht van de doelstellingen van de vereniging en stelt daartoe beleidsvoorstellen op, die worden voorgesteld aan de Algemene Ledenvergadering. Het bestuur overlegt met het Jungiaans Instituut en vertegenwoordigt de vereniging bij overleg met bijvoorbeeld verzekeraars en overheden. Het bestuur neemt passende maatregelen en/of sancties na uitgebracht oordeel van de klacht- en tuchtcommissie.
Tenminste één maal per jaar belegt het bestuur een Algemene Ledenvergadering, statutair in de eerste helft van het jaar (maar daarvan kan onder zekere omstandigheden worden afgeweken). In de ALV worden in elk geval de financiële jaarstukken besproken.